Olha eu faço assim:
Vou neste site:
http://packages.ubuntu.com/E baixo os pacotes: faac, faad, ffmpeg, gstreamer0.10-ffmpeg, gstreamer0.10-pitfdll, gstreamer0.10-plugins-bad, gstreamer0.10-plugins-bad-multiverse, gstreamer0.10-plugins-ugly, gstreamer0.10-plugins-ugly-multiverse, gstreamer0.10-sdl, lame, libxine1, mjpegtools, mp3gain, mpg123, mpg321, x264, xine-ui.
E só digitar no site o pacote que quer baixar, no entanto os pacotes acima são as bases, você terá que baixar muitas dependencias, e so baixar as dependencias manualmente também.
Depois e so clicar nos pacotes deb é instalar.
Se não me engana a como instalar pela linha de comando varios pacotes de uma vez.
Mais te recomendo um metodo mais facil é rapido, ao inves de ficar baixando os pacotes instale eles, é crie uma imagem do sistema operacional assim sempre que precisar formatar você usa ela e tem um sistema igual ao anterior.
Para criar imagens pode usar clonezila etc.
Se quiser ainda pode tentar criptografar a partição com o Truecrypt:
http://www.truecrypt.org/