Em que aspecto ficou bagunçado? (particularmente você precisa ver o meu desktop [:p]).
Se for todos esses ícones (pidgin, Synaptic, Rythmbox), se você não quizer eles mais ai, você pode selecioná-los e excluí-los.
Se caso for a caixa preta lá no painel, ao lado do ícone do Terminal, é só clicar com o botao direito e selecionar a opção "Remover deste painel". Mas, no caso você quer criar um ícone para o Firefox, então não será necessário excluí-lo, apenas reconfigurá-lo.
EDIT
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(OBS.: os "rá-lo, ná-los, í-los", foi utilizado para ficar mais bonito o português.)