se não é o Windows que está escrevendo seu bootloader, então é quem?
Sim, nesse sentido literal está certo o que você disse, é o Windows quem apaga, porém o que quero dizer e me expressei mal é que isso acontece porque a forma como o bootloader do Ubuntu, o grub, está sendo gravado de forma incorreta na instalação. O suporte UEFI no grub evidentemente foi desenvolvido levando em consideração a realidade de instalação do Windows e ainda a própria especificação UEFI.
Na maioria dos casos funcionará da forma correta, sem problemas, entretanto, em algumas máquinas, conforme o fabricante tenha desenvolvido o setup do equipamento, isso não ocorrerá e será necessário usar o Legacy Mode e ainda em outros poucos casos (pelo menos por enquanto) nem mesmo isso será possível, pois já se tem notícias de algumas máquinas por aí em que o fabricante "faz o favor" de travar o setup , tirando toda a liberdade do usuário final, de forma que não possa alterar o sistema operacional que vem embarcado, que obviamente é o Windows.
O motivação desses fabricantes que cometem tal aberração é obviamente financeira, querendo evitar eventuais custos de suporte, pois na ótica deles se deixarem essa liberdade ao usuário final ele irá fazer "asneira" o que irá repercutir no SAC e, por consequência, nos custos do pós-venda. Lamentável, muito lamentável. deplorável mesmo, mas existe esse fato no mercado.
Há uma certa "malandragem" nisso tudo, vez que o dono do "janelas" para não ficar com a pecha de que estaria criando obstáculos ao dual boot disse que a decisão caberia aos fabricantes, ou seja, lavou as mãos tal qual o Pilatos que sabe estar cometendo um ato anti-ético e abusando de sua posição monopolista, porém o interesse financeiro sempre fala mais alto.
Parece, entretanto, que não se trata do caso presente, onde talvez o que foi feito foi um engano quando da instalação.