Em WEP, tente colocar o /etc/network/interfaces assim:
auto wlan0
iface wlan0 inet dhcp
wireless-essid SEU-SSID
wireless-key1 SUA-CHAVE-WEP
Em WPA, vc cria o arquivo /etc/wpa_supplicant.conf com o comando abaixo:
sudo -s
# wpa_passphrase SEU-SSID > /etc/wpa_supplicant.conf
<digite sua senha wpa>
# exit
Depois edite o arquivo /etc/network/interfaces:
auto wlan0
iface wlan0 inet dhcp
wpa-ssid SEU-SSID
wpa-conf /etc/wpa_supplicant.conf
[/conf]
Usando assim, eu sugiro desativar o Network Manager, pois é capaz dele tentar configurar sua wireless e acabar te atrapalhando. Apesar disso, ele ainda é um pouco mais confiável pra fazer a configuração do WPA.