Quando quero instalar vários pacotes ao mesmo tempo, uso terminal.
Quando quero procurar o que instalar (saber detalhes sobre pacotes) e saber o que determinado pacote instala como dependência e se há conflitos com outros pacotes já instalados, uso Synaptic.
Agora quando quero frescura e demora para fazer uma simples instalação, uso o Central de programas. Brincadeira a parte, só uso o Central para pesquisar sobre aplicativos, ver uma tela dele, opiniões de quem comentou no central e o link do site do desenvolvedor, raramente instalao algo por lá que é muito demorada e pouco transparente.
Resumindo:
1 - terminal na maioria da vezes
2 - Synaptic quase que empatado com o terminal
3 - Central de programas quase nunca. Só não digo nunca porque às vezes me esqueço e dou um clique duplo em .deb baixados que automaticamente abrem o Central, kkkk.