Então, caro /Mario Limão/,
Aqui não estou identificando precisamente a situação que relatas, no sistema que tenho instalado (Ubuntu padrão = Unity) e no diretório mencionado não observo essa duplicidade de ícones, entretanto, recordo-me dessa ocorrência em alguns aplicativos que realmente quando se vai ver os detalhes se tratam de comandos diferentes, usados em contextos diferentes (menu de contexto, abrir uma lista, um arquivo, etc).
Havia um exemplo que certa vez verifiquei relativo ao aplicativo banshee, o qual gerava 3 ícones, entretanto os comandos internos eram esses:
banshee --redirect-log --device-activate-play=%u
banshee --redirect-log --device-activate=%u
banshee --redirect-log --play-enqueued %U
No seu caso não seria interessante apenas examinar concretamente os tais itens duplicados e verificar o que eles de fato contém?
Vá até o diretório onde se encontram:
cd /usr/share/applications
depois use, por exemplo, o comando cat para "ver" o conteúdo dos arquivos, ou talvez, melhormente apenas usando o comando diff, o que é mais direto e prático.
Caso já não conheça, há um bom artigo aqui comentando o uso do diff:
https://www.vivaolinux.com.br/dica/diff-Comando-com-exemplos