bred81 esta pergunta foi feita muitas vezes no fórum, e com uma
pesquisa você já teria achado a resposta.
Mas vamos lá, os dois comandos funcionam de forma igual na instalação de pacotes, mas o
aptitude gerencia melhor os pacotes, permitindo uma remoção das aplicações (e seus pacotes de dependências), instaladas por ele, de forma mais eficiente.