Eu acho que sei o que você fez, na hora da instalação do Ubuntu você escolheu o método preguiçoso né, instalação automática... cara, quando for instalar em dual boot ou trial boot, use sempre a instalação avançada, 3ª opção de cima para baixo, daí você sabe exatamente o que acontecerá com as partições do HD.
O colega já falou a solução, rode um sudo grub-update pelo Mint, daí depois você terá que excluir primeiro as partições lógicas dentro da partição estendida, para poder apagá-la.