Sem conhecer em detalhes a infraestrutura objeto na licitação fica difícil melhor analisar, porém se fizer o desmembramento, creio, não levará a uma solução satisfatória. Não parece haver direcionamento no edital, ao contrário, está ampliando a concorrência e, sobretudo, deixando o fornecedor monopolista de fora.
A Microsoft possui uma solução própria para Endpoint Protectin, isto é, para máquinas Windows, então o que vai acontecer se desmembrar o edital é que será comprada uma solução MS exclusiva para as máquinas do sistema operacional comercial ou em outras palavras, quem vai vender será a MS ou dos parceiros exclusivos dela.
Além disso, a separação de soluções de proteção por plataforma irá encarecer os custos de administração da infraestrutura.
A forma como o edital foi formulado está privilegiando e incorporando o mundo Linux, considerando-o como real e existente.
Melhor, penso, ficar do modo como consta no edital (apenas no que diz respeito a uma solução endpoint única, não li o edital como um todo), pois isso colocará outros fornecedores na concorrência, isto é, realmente especialistas em soluções Endpoint Protection, tais como a Symantec, McAfee, Sophos e outros, todos essas soluções incorporam plataformas Windows, Mac, Linux, não sei se é o caso, mas deveria também incluir proteção para dispositivos móveis, especialmente Android para smartphones e tablets.
O que precisa entender aí é que apesar do Linux muito dificilmente ser objeto de contaminação tradicional, nada obstante ele pode ser fonte de disseminação, então servidores Linux precisam de mecanismos para eliminação de riscos, notadamente servidores de emails e de arquivos, sobremodo quando se considera uma infraestrutura corporativa, o que é o caso, vez que uma instalação de mais de 2.000 máquinas é uma instalação de grande porte.
A abrangência de Endpoint Protection é maior que um simples antivírus, do ponto de vista corporativo deveria também permitir o controle do que pode ou não pode sair da organização, ou seja, confidencialidade de informações, o que envolve o fluxo de internet e ainda dispositivos de armazenamento e medias removíveis, além de outros aspectos ligados a malwares e assemelhados.
A questão licitatória, embora obviamente relevante do ponto de vista da cidadania, em si, é um tanto quanto off tópico e, portanto, matéria estranha a esse Fórum, que é eminentemente técnico, mas se o Moderador @galactus autorizou, então formulo essa opinião.