Nem sempre.
Salvar => salva as modificações num arquivo
Salvar como => salva o arquivo e pede um nome. Se o nome já existe exibe um alerta, pois o arquivo original será apagado e substituído pelo arquivo corrente em cache
Assim, se o root salvar, as permissões permanecem, mas se o root salvar como, as permissões podem mudar
Não porque o root fez, mas sim como o root fez, é sutil mas faz a diferença.