Passou raspando...
Cada player tem um arquivo de configuração que ajusta o equalizador, mas como a maioria usa o gstreamer em background, este permite várias configurações e que dá regulagens diferentes que reflete na maneira como ouvimos o som
Ah, então no uso cotidiano o que conta mesmo é a sensação, é você se enganando. A diferença fica por conta do periférico.
Comprei um fone com certa qualidade e é impressionante a diferença que faz. E olha que nem é coisa profissional. É só um fone com um pouco mais de qualidade que esses sony, nipponic etc. que se acha por ai por 15-20 contos.
Reparei uma coisa curiosa com esse fone. Em 90% do tempo to usando linux, seja o xubuntu ou bodhi. Quando pluguei esse fone novo num pc com windows, usando o velho winamp de guerra, a qualidade do som piorou sensivelmente. Mas quando usava nas caixas de som, um subwoofer multilaser, o som no windows, no winamp e no foobar, era claramente melhor. Dai eu ter afirmado que a diferença então sempre deve ficar com o periférico.