Rapaz, estou com o mesmo problema.
No meu caso, o sistema é Windows 7. Fiz uma alteração no HD com o G-Parted (encurtei o Ubuntu em 50GB, aumentei o Win7 em 50GB e o o gparted moveu o Windows mais para a esquerda.
Acontece que, quando tento iniciar o Win7, a tela fica preta com um underline branco piscando. Se eu acessar o ubuntu, consigo enxergar a partição do Win7 e tudo que há lá dentro. Eu preciso muito do Win7 pois minha internet é à rádio, por uma antena Ralink USB que não funciona no Ubuntu.
Já ia criar um tópico sobre isso, mas vamos ver se alguém sabe o que pode ter acontecido (em minhas tentativas de solução até agora eu só consegui destruir o grub e magicamente consertei).