O desenvolvedor é quem decide de que forma vai disponibilizar seu software. No caso do software livre, geralmente se opta por distribuir apenas o código fonte, que pode ser compilado em qualquer sabor do Linux, bem como em outros sistemas operacionais, como os BSDs, Solaris, MacOSx, e à vezes até Windows. Isso dá menos trabalho para o desenvolvedor. O empacotamento é feito pelas próprias distros, ou por colaboradores. Debian, Ubuntu, Mandriva, Suse e outras têm pessoas responsáveis por esse empacotamento. Muitas pessoas também fazem empacotamento de softwares de forma independente, às vezes colaborando com o desenvolvedor, outras vezes mantendo um repositório próprio. No caso de uma distro, não tem sentido distribuir software que não seja pelo seu próprio sistema de empacotamento. No caso do desenvolvedor, ele pode distribuir pacotes já com todas as dependências, mas isso é mais difícil e trabalhoso, o melhor para o desenvolvedor é mesmo distribuir apenas os fontes e deixar para outros o trabalho do empacotamento. Isso já pode ser diferente no caso de empresas. O Opera, por exemplo é distribuído de várias formas, existem pacotes específicos para várias distros, mas também existe um pacote padrão, compilado estaticamente, que você pode instalar em qualquer sabor do Linux. Mas aí se trata de uma empresa, ela tem gente paga para fazer esse trabalho.