Em Configurações(gnome-control-center) > Teclado > Capturas de Tecla são mostradas as funções de captura de tela com a tecla Print Screen, elas salvam as imagens automaticamente na pasta Imagens. Não sei como mudar a pasta do salvamento automático, mas você pode fazer a tecla Print Screen abrir o programa de screenshots(gnome-screenshot), com o qual você vai poder tirar a screenshot da tela/janela/área e escolher a pasta onde vai guardá-la. Para fazer isto:
Em Configurações(gnome-control-center) > Teclado, clique no + na parte inferior da janela, escreva "Nova Screenshot" ou qualquer outra coisa na área "Nome:", escreva o comando "gnome-screenshot -i" na área "Comando:" e clique em "Adicionar". Após clicar em adicionar você vai ver a função que acabou de adicionar, clique nela(ela irá ser destacada em azul e a palavra "Novo acelerador..." aparecerá à direita) e aperte a tecla Print Screen para adicionar a função à tecla. Vai aparecer uma mensagem dizendo algo como "O atalho 'print' já está sendo usado blábláblá...", confirme clicando em "Reatribuir". Pronto, agora a tecla Print Screen do seu teclado vai abrir o programa de screenshots ao invés de tirar uma screenshot automaticamente e salvar na pasta Imagens. Acredito que não é exatamente o que você queria, mas espero que seja útil para alguém.
Ubuntu 16.10
GNOME Shell 3.20.4