Uso só o MEGA. Ele tem a vantagem de ser software livre, com o código no Github, e é fácil até para compilar direto do fonte. Para mim, é o que mais leva em conta os usuários de distros Linux. Mas uma pergunta: se vc registrou no mega agora, conseguiu os 50GB msm? Pq acho que agora são 15GB grátis, mas que pode chegar a 50GB só por um tempo limitado, depois cai para 15GB.
Pelo que eu já pesquisei disso, tem uns serviços que tem suporte a Linux:
https://www.drivehq.com/features/ftp.aspx - Esse aqui não tem aplicativo mas vc pode usar via FTP pelo Filezilla com 5GB grátis
https://www.pcloud.com/download-free-online-cloud-file-storage.html - O pcloud tem 10GB grátis
https://docs.cozy.io/en/howTos/sync/linux/ - Cozy é open source também e oferece 5GB grátis
https://www.opendrive.com/opendrive-for-linux - OpenDrive também com 10GB, mas esse vc configura pelo rclone e vi que tem gente que reclama que tem problemas com sincronização, mas não sei se é pelo aplicativo Windows, Android ou outra coisa.
https://tresorit.com/download/linux - Tresorit com 5GB livre
Nunca testei nenhum deles, mas pelo que vi são empresas sérias que fornecem esses serviços, então serve funcionar. Criptografia ponta a ponta nem todos tem, mas acho que todos tem criptografia nos servidores.
Tem o Insync que dá acesso ao Google Drive no Linux também, mas é um aplicatido pago (sem assinatura, paga uma vez só).