acredito que seria a melhor ideia mesmo um script ou um daemon de reset de desktop, porem acabei de testar aqui outra ideia que seria até mais pratica (embora um pouco apelativa)
abra um thunar, aperte ctrl+h (mostrar os icones escondidos), agora clique com o botão direito na pasta ".config" e va em propriedades. agora va em permissões e coloque em apenas leitura (read only), quando clicar em OK vai aparescer para voce dar um aplique recursivamente, com isso o usuario não podera mais alterar suas proprias configurações.
para reverter esta alteração voce tera que fazer o mesmo procedimento, mas voce tera que usar o root, uma vez que o usuario não pode alterar a pasta mais...
com este metodo que acabei de testar o usuario ainda podera mudar as barrinhas de lugar, mas quando ele mudar, a mudança não podera ser salva, ai apenas clicando ctrl_alt+backspace, ou deslogando e logando denovo, ou qq coisa que faça o xfce checar o arquivo vai fazer ele voltar ao padrão...
PS: lembre-se de deixar um desktop bem funcional com tudo que um usuario precise, como clipboard, taskbar, menu iniciar, etc... assim se ja estimula a não mexer...