Olá,
Explique melhor, ficou confuso...
Como configurou as pastas?
Você disse que "quando envio os arquivos", envia para onde?
Explique em detalhes o que está fazendo para o fórum entender melhor.
Para saber mais sobre permissões de arquivos e pastas, pesquise na rede por "chown" (change owner) e "chmod" (change mode)