Depois de muito tempo retorno, mas para dizer que ainda não encontrei solução.
Realizar a alteração pela parte gráfica do programa eu já tentei e sempre trava. Criei novas contas root e mesmo assim não consigo fazer a alteração.
Talvez a solução esteja em alterar no arquivo onde as informações de proxy do Synaptic são gravadas.
!No meu caso, eu preciso retirar o proxy.