Se você for um usuário iniciante, melhor não tentar mexer com essas coisas de segurança. Se apenas usar o sistema normalmente, ele já será seguro.
Bem, independente disso, sobre sua pergunta: muitas pastas são iguais, mas dependendo do ambiente gráfico que usa, algumas outras são diferentes.
Também, certos comandos para instalar alguns pacotes são diferentes.
Ou, por exemplo, quando se pede pra editar um arquivo de texto pelo terminal. Em geral, no Ubuntu o comando seria gedit /pasta/do/file/file.conf
, porém, em outros sistemas, o Gedit pode não exisitir, sendo necessário usar o editor de texto básico do sistema (no meu caso, uso o Linux Mint e não tenho gedit, mas sim o xed).
Portanto, instruções para o RedHat não funcionarão 100%.