a) Apenas para conferir, aquele procedimento indicado para fazer pelo GParted pode ser melhor visto aqui (é a mesma coisa, apenas melhor explicado):
http://itsfoss.com/how-to-format-a-sd-card-or-usb-drive-in-ubuntu-12-10/
b) confirme se seu sistema está realmente atualizado, atualize se necessário:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
c) Obviamente se uma interface gráfica, seja lá por qual razão for, não está conseguindo realizar uma tarefa, o passo seguinte é fazer tal tarefa usando comandos de baixo nível (low-level commands).
Vamos começar pelo mais simples, que é apenas tentando fazer a formatação:
1) identifique o dispositivo do pendrive (porque como ele é removível, pode mudar se nesse meio tempo tiver mais alguma coisa inserida no sistema), usando o parted (no último post estava como /dev/sdb1, vou usar sdb1 nos exemplos adiante, mas confira se está assim mesmo).
Não vá errar aqui e formatar um disco errado e destruir seu sistema!;
2) como normalmente ao "espetar" um pendrive o sistema faz a montagem automaticamente, então inicialmente desmonte:
sudo umount /dev/sdb1
3) tente fazer a formatação, inicialmente num formato apenas Linux, como ext4:
sudo mkfs.ext4 /dev/sdb1
Use o sudo, não faça diretamente como root para não grudar as permissões dele.
Depois de executada a formatação (enquanto ela ocorre vai aparecendo um relatório), com o mouse copie e cole a saída **exatamente** como ela aparece no terminal.
4) se tudo correu normal, sem nenhum mensagem de erro, experimente copiar um arquivo para o pendrive.
wallace@wallace-Wallchs:~$ sudo mkfs.ext4 /dev/sdb1
mke2fs 1.42.9 (4-Feb-2014)
Rótulo do sistema de arquivos=
OS type: Linux
Tamanho do bloco=4096 (log=2)
Tamanho do fragmento=4096 (log=2)
Stride=0 blocks, Stripe width=0 blocks
952848 inodes, 3811072 blocks
190553 blocks (5.00%) reserved for the super user
Primeiro bloco de dados=0
Máximo de blocos de sistema de arquivos=3904897024
117 grupos de blocos
32768 blocos por grupo, 32768 fragmentos por grupo
8144 inodes por grupo
Cópias de segurança de superblocos gravadas em blocos:
32768, 98304, 163840, 229376, 294912, 819200, 884736, 1605632, 2654208
Allocating group tables: pronto
Gravando tabelas inode: pronto
Creating journal (32768 blocks): concluído
Escrevendo superblocos e informações de contabilidade de sistema de arquivos: concluído
A formatação foi realizada com sucesso eu desmontei ele pelo Gparted e funcionou a formatação, porém ao tentar passar algum arquivo para ele me retornar o erro: A pasta "Mad Max Fury Road 2015 1080p WEB-DL x264 AC3-JYK" não pode ser copiada porque você não tem permissões para criá-la no destino.