O que posso te sugerir é que, caso a quantidade de cabos existentes permita, separe alguns para telefonia e outros para dados. Não é nem muito difícil, visto que um cabo cat5e/cat6 comum pode levar 4 linhas telefônicas distintas.
Pra fazer gigabit em cat5e, vc mesmo já viu, só com os 4 pares, então não tem como compartilhar o cabo. Se quiser trabalhar em gigabit com 2 pares, tem que usar cabos cat6, e forçar o modo 1000BaseT na interface, em vez de 1000BaseTX.