Baixe os fontes com o comando "apt-get source squid3", depois baixe as dependências de compilação com o comando "apt-get build-dep squid3".
Você vai encontrar, em seguida, um diretório "squid3" na pasta onde vc executou o comando, e dentro dele uma pasta "debian" com um arquivo "rules". Esse arquivo tem uma chamada para um comando "configure", que vai receber a lista das opções ativas.
Use essas opções como ponto de partida pra executar novamente o "configure", adicionando a opção que vc quer. Depois é só usar os comandos "make" e "sudo make install", pra instalar o squid3 customizado.