No Ubuntu 11.10 estava com um problema igual, antes o som era perfeito, mas depois começou o ruído durante a reprodução de qualquer mídia pelo vlc, desinstalei, reinstalei e nada, não quis instalar o sistema novamente só por causa dele, fiquei usando outros reprodutores até sair o 12.04, daí tudo normal.
Qual versão você está utilizando? já pensou em mudar para a mais nova ou para a anterior?