O tópico é bem antigo, mas vou deixar algumas opções que venho usando e estou gostando bastante. Elas podem ser úteis para quem usar a pesquisa do fórum.
Avogadro - ele tem várias moléculas já montadas e dá para a gente visualizar tudo em 3D. Da para ver várias informações, como: dipólo, esferas de Van der Waals, forças, ligações, ligação de hidrogênio e por ai vai ... É um aplicativo excelente! Gosto demais dele.
Kalzium - tem uma tabela periódica que pode ser visualizada de várias formas, inclusive com ícones que mostram as aplicações mais comuns para cada elemento químico. Possui também uma linha do tempo em que a gente clica no play e ele começa a mostrar a ordem de descoberta de cada elemento químico. Tem uma opção que mostra o estado físico de cada elemento conforme a temperatura vai subindo. Você clica no play, a temperatura (K) sobe e ai vai mostrando os elementos que começam a alterar o estado físico. É bem interessante! Ele tem editor molecular, resolve equações, possui tabela de isótopos, mostra propriedades de cade elemento químico, etc... etc... etc....
Os dois aplicativos estão disponíveis na central de programas do Ubuntu.
Booommm, agora que deixei essas dicas, vou aproveitar e fazer propaganda do meu tópico ... hehehe
Estou vendo se descubro algum software que ajude a medir o pH a partir de fotos.
O link é esse:
http://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,85047.msg469307.html#new