Crie/Altere/Renomeie o link simbólico em /etc/rc?.d (onde ? é o runlevel):
Esses links são nomeados S##name ou K##name, onde S e K são (Start e Kill), ## é a prioridade e "name" é o nome do link.
Os links são "chamados" em ordem "alfabética". K10abobora é chamado antes de K10banana.
Altere o número: Menor, maior prioridade, maior, menor prioridade.
Supondo que seu "serviço" se chame "xpto":
# ln -s /etc/init.d/xpto /etc/rc3.d/K99xpto
Cria o link K99xpto no runlevel 3 que tem muito baixa prioridade.
[]s
Fred