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1) Se eu tiver mais 3 sites, basta eu criar as zonas e manter um único arquivo de reverso ou tenho que criar outros também?

Normalmente quem cuida da zona reversa é o responsável pelo sistema autônomo. Se essas palavras não fizeram sentido pra você, é pq vc não tem um Sistema Autônomo, e portanto quem cuida da zona reversa é seu provedor. Fale com eles sobre isso.

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2) como poderia gerenciar o bind9?

A forma mais simples e direta é via acesso remoto em modo texto (SSH). Se não me engano, vc também pode usar o webmin para isso.
Existem também aplicativos locais que oferecem gerenciamento gráfico, mas além de serem pouco conhecidos (portanto  pouco usados, e portanto pouco depurados), vc ainda vai precisar resolver o acesso remoto em modo gráfico.

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3) como faço para integrar o mysql ao apache2? pois quando coloco o bd e redireciono dá o famoso erro 500 de erro interno.

Desculpe, coloca o bd onde? Em quê? Cuma?

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4) instalei o php5 porém ele dá o erro 500,como posso resolver isso?

No arquivo /var/log/apache2/error_log há a explicação do seu erro 500. Pegue a linha correspondente, jogue no google e delicie-se com a montoeira de sites que vão te resolver o problema num instante.
(Não tô zoando. Resolvo 95 a 99% dos meus problemas assim)

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5) tem alguma indicação de tutoriais de como melhorar o meu firewall?pois ele no momento é bem básico e estou querendo implementar 6) uma segurança maior nele e poder gerenciar de forma mais eficiênte a rede e a internet aqui em casa,pois tenho planos futuros de colocar um servidor de cara para a internet e quem sabe iniciar um negócio de hospedagem de sites.

Não dá pra opinar sem conhecer o seu firewall. E mesmo depois de conhecer, só dá pra opinar depois de avaliar o que não está te agradando nele.

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7) alguém sabe de um tutorial de implantação de e-mail que seja funcional e completa?

Vide resposta à pergunta 4.
Enquanto isso, eu tenho vários argumentos pra não perder tempo tentando fazer, e todos eles começam, terminam ou passam por "Google Services".

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como posso iniciar os estudos de implantação do openvpn?

Lendo a resposta da pergunta 4?

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9) o ispconfig3 funciona numa boa com o proftpd ou tenho que obrigatoriamente que instalar o  vsftp?

Não trabalho com nenhum dos 3, portanto eu passo.

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10) já faz um tempo que eu tento instalar o freepbx para funcionar com asterisk e até o momento não consegui, alguém sabe de um tutorial que eu possa finalmente fazer ele funcionar?

Passo.

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11) gostaria de fazer um automático para baixar, instalar, configurar e deixar tudo funcionando, alguma indicação de como fazer esse arquivo e também de como programar?  já vi um vídeo de um americano levantando o asterisk em 5min e ter somente o trabalho de gerenciar somente usando esse arquivo dele.

Não entendi bem sua pergunta, mas alguma coisa me diz que passa por imagens pré-instaladas, máquinas virtuais ou alguma combinação linear dos dois.

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12) quero começar a programar em php e fazer uso do codeigniter e também do yii, alguém sabe me dizer um bom site que eu possa aprender tudo certinho sem ter muita firula e partir para a programação orientado a objeto?

Passo.
PS: Foco, rapaz. Vc vai ser administrador de sistema ou programador?

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13) eu criei um nome para direcionar o sarg, ao invés de usar o endereço ip, porém eu já criei no httpd.conf um virtualhost para ele, reiniciei o apache2 e não funcionou no navegador, pis gostaria de simplificar ao invés do: ip/html/squid-reports, gostaria de que ele ficasse mais ou menos dessa forma: squid3.meusite.local, editei também o /etc/hosts para incluir e reiniciar também o apache e mesmo assim nada feito de funcionar, alguma dica?

Adicione esse nome ao seu servidor DNS ou ao arquivo HOSTS da máquina de onde vc acessa.

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... e também no localhost ...

Não mexa nesse arquivo, OK? Esse é o nome da máquina.

Normalmente vc põe a referência dentro do arquivo Hosts. Mas vc também pode simplesmente retirar essa chamada da configuração do proftpd, e ver como vai...

#
# /etc/proftpd/proftpd.conf -- This is a basic ProFTPD configuration file.
# To really apply changes, reload proftpd after modifications, if
# it runs in daemon mode. It is not required in inetd/xinetd mode.
#

# Includes DSO modules
Include /etc/proftpd/modules.conf

# Set off to disable IPv6 support which is annoying on IPv4 only boxes.
UseIPv6                         off
# If set on you can experience a longer connection delay in many cases.
IdentLookups                    off

ServerName                      "www.bicalhsosuporte.local FTP Ubuntu 15.04"
ServerType                      standalone
DeferWelcome                    off

MultilineRFC2228                on
DefaultServer                   on
ShowSymlinks                    on

TimeoutNoTransfer               600
TimeoutStalled                  600
TimeoutIdle                     1200

DisplayLogin                    welcome.msg
DisplayChdir                    .message true
ListOptions                     "-l"

DenyFilter                      \*.*/

# Use this to jail all users in their homes
 DefaultRoot                    /var/www/bicalhosuporte

# Users require a valid shell listed in /etc/shells to login.
# Use this directive to release that constrain.
# RequireValidShell             off

# Port 21 is the standard FTP port.
Port                            21

# In some cases you have to specify passive ports range to by-pass
# firewall limitations. Ephemeral ports can be used for that, but
# feel free to use a more narrow range.
# PassivePorts                  49152 65534

# If your host was NATted, this option is useful in order to
# allow passive tranfers to work. You have to use your public
# address and opening the passive ports used on your firewall as well.
# MasqueradeAddress             1.2.3.4

# This is useful for masquerading address with dynamic IPs:
# refresh any configured MasqueradeAddress directives every 8 hours
<IfModule mod_dynmasq.c>
# DynMasqRefresh 28800
</IfModule>

# To prevent DoS attacks, set the maximum number of child processes
# to 30.  If you need to allow more than 30 concurrent connections
# at once, simply increase this value.  Note that this ONLY works
# in standalone mode, in inetd mode you should use an inetd server
# that allows you to limit maximum number of processes per service
# (such as xinetd)
MaxInstances                    30

# Set the user and group that the server normally runs at.
User                            bicalhosuporte
Group                           bicalhosuporte

# Umask 022 is a good standard umask to prevent new files and dirs
# (second parm) from being group and world writable.
Umask                           022  022
# Normally, we want files to be overwriteable.
AllowOverwrite                  on

# Uncomment this if you are using NIS or LDAP via NSS to retrieve passwords:
# PersistentPasswd              off

# This is required to use both PAM-based authentication and local passwords
# AuthOrder                     mod_auth_pam.c* mod_auth_unix.c

# Be warned: use of this directive impacts CPU average load!
# Uncomment this if you like to see progress and transfer rate with ftpwho
# in downloads. That is not needed for uploads rates.
#
# UseSendFile                   off

TransferLog /var/log/proftpd/xferlog
SystemLog   /var/log/proftpd/proftpd.log

# Logging onto /var/log/lastlog is enabled but set to off by default
#UseLastlog on

# In order to keep log file dates consistent after chroot, use timezone info
# from /etc/localtime.  If this is not set, and proftpd is configured to
# chroot (e.g. DefaultRoot or <Anonymous>), it will use the non-daylight
# savings timezone regardless of whether DST is in effect.
#SetEnv TZ :/etc/localtime

<IfModule mod_quotatab.c>
QuotaEngine off
</IfModule>

<IfModule mod_ratio.c>
Ratios off
</IfModule>


# Delay engine reduces impact of the so-called Timing Attack described in
# http://www.securityfocus.com/bid/11430/discuss
# It is on by default.
<IfModule mod_delay.c>
DelayEngine on
</IfModule>

# Delay engine reduces impact of the so-called Timing Attack described in
# http://www.securityfocus.com/bid/11430/discuss
# It is on by default.
<IfModule mod_delay.c>
DelayEngine on
</IfModule>

<IfModule mod_ctrls.c>
ControlsEngine        off
ControlsMaxClients    2
ControlsLog           /var/log/proftpd/controls.log
ControlsInterval      5
ControlsSocket        /var/run/proftpd/proftpd.sock
</IfModule>

<IfModule mod_ctrls_admin.c>
AdminControlsEngine off
</IfModule>

#
# Alternative authentication frameworks
#
#Include /etc/proftpd/ldap.conf
#Include /etc/proftpd/sql.conf

#
# This is used for FTPS connections
#
#Include /etc/proftpd/tls.conf

#
# Useful to keep VirtualHost/VirtualRoot directives separated
#
#Include /etc/proftpd/virtuals.conf

# A basic anonymous configuration, no upload directories.

# <Anonymous ~ftp>
#   User                                ftp
#   Group                               nogroup
#   # We want clients to be able to login with "anonymous" as well as "ftp"
#   UserAlias                   anonymous ftp
#   # Cosmetic changes, all files belongs to ftp user
#   DirFakeUser on ftp
#   DirFakeGroup on ftp
#
#   RequireValidShell           off
#
#   # Limit the maximum number of anonymous logins
#   MaxClients                  10
#
#   # We want 'welcome.msg' displayed at login, and '.message' displayed
#   # in each newly chdired directory.
#   DisplayLogin                        welcome.msg
#   DisplayChdir                .message
#
#   # Limit WRITE everywhere in the anonymous chroot
#   <Directory *>
#     <Limit WRITE>
#       DenyAll
#     </Limit>
#   </Directory>
#
#   # Uncomment this if you're brave.
#   # <Directory incoming>
#   #   # Umask 022 is a good standard umask to prevent new files and dirs
#   #   # (second parm) from being group and world writable.
#   #   Umask                           022  022
#   #            <Limit READ WRITE>
#   #            DenyAll
#   #            </Limit>
#   #            <Limit STOR>
#   #            AllowAll
#   #            </Limit>
#   # </Directory>
#
# </Anonymous>

# Include other custom configuration files
Include /etc/proftpd/conf.d/

Primeiro inicie o serviço do Squid.

sudo service squid3 start

Se depois disso não continuar rodando, olhe no log (/var/log/squid3/cache.log) pra ver o motivo.