Boas...
Se eu entedi direito o que vc precisa... aqui vai a dica...
1º - Você vai precisar criar os usuários no servidor Linux (criar o joão e a maria)...
2º - Cara pasta será um compartilhamento, por exemplo, a pasta documentos é um compartilhamento, a pasta imagens é outro...
3º - Outra coisa a definir é se os usuários poderão alterar os arquivos das pastas que eles têm acesso ou se os arquivos contidos nas pastas serão somente leitura...
4º - Use uma ferramenta chamada Swat para gerenciamento do samba via web, depois de instalada basta acessar
http://ip_do_server_samba:901 (melhor fazer login como root)
5º - Para criar o compartilhamento, clique em SHARES e veja essa imagem:
http://www.gdhpress.com.br/redeseservidores/leia/cap6-5_html_29d300ca.png6º - para definir as permissões, veja essa imagem aqui:
http://www.gdhpress.com.br/redeseservidores/leia/cap6-5_html_m7f02fbbd.png (importante, para proteger com senha deixe a opção guestOK como NO e nos hosts Allow e hosts Deny pode deixar em branco pois vc colocará o nome dos usuários em Valid Users).
)
7º - As opções Browseable e Available devem estar sempre em YES para a pasta aparecer no compartilhamento...
Qualquer dúvida é só postar....
Ah... já ia me esquecendo, pra instalar o swat use o apt-get
sudo apt-get install swat
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