Camarada, boa tarde!
Se você estiver no linux (mesmo acessando partição fat ou ntfs) só ficará oculto com um ponto na frente do nome do arquivo, essa é a forma que o linux oculta.
O problema poderá acontecer quando você estiver no windows, o gerenciador de janelas dele ocultou por algum motivo, logo, é provável que se renomear dê algum problema ou fique visível.
Escolha um album apenas e faça o teste, é a melhor maneira. (faça uma cópia de segurança).
Outra coisa, não sei se o fato de estar oculto no náutilus estará oculto no player enquanto este executa.
Veja um exemplo: Meu pendrive quando no ubuntu não vejo a lixeira facilmente, porém, quando o coloco no windows ela aparece no explorer, se o renomear no windows sem o ponto, o ubuntu reconhecerá e mostrará a pasta, porém criará uma outra lixeira.