Mateus, há um esquema no firefox que pode ser usado pra bloquear a configuração de proxy da forma que vc quiser.
Eu já usei no Windows, mas não no Linux, então não te garanto que funcione.
Mas tem que ser implementado máquina a máquina. Supondo que o usuário não tenha acesso de administrador na máquina, ele não vai poder desfazer a alteração.
Fora isso, a idéia que te dou é bloquear qualquer acesso à internet que não passe pelo teu squid. Daí avise a todos que se alguém mudar a configuração de proxy, vai ficar sem acesso à internet, e que será responsabilidade deles mesmos consertarem.