Eu não vejo nenhum problema em correr programas e jogos do Windows no Ubuntu, porque para mim é uma vantagem competitiva: em vez de usar dois sistemas operativos (com 99% de ser uma cópia pirata), ter problemas com malware (o Wine não é imune ao malware Win32 mas a sua arquitectura evita que a esmagadora maioria corra, porque muito do malware utiliza exploits das bibliotecas originais, o que não acontece com o Wine que é uma implementação alternativa do Win32 API), e não beneficiar os recursos de uma máquina Linux a tempo inteiro.
A mesma lenga-lenga aconteceria se a Canonical lançasse um emulador para correr aplicações Android directamente no Desktop, o que é uma funcionalidade até mais requerida por muitos utilizadores e até mais que o suporte de aplicações Win32 via Wine!
(O que já aconteceu no Windows 8 com o lançamento do Bluestacks App Player, mas contêm instruções que não estão devidamente implementadas no Wine. E a sua comunidade deseja uma versão Linux para este programa, o que seria para a Canonical uma oportunidade para expandir o leque de compatibilidade de aplicações.)
Em termos práticos o que acrescenta ao Desktop Linux é a possibilidade de portar/correr programas Win32 lado a lado com outro tipo de programas, e o Wine é somente mais um sub-sistema do modo user no Linux ao lado de outras tantas. E aparentemente um dos programadores do Wine está a criar uma versão Linux destinada para ser uma distribuição padrão para correr softwares Windows com menores problemas de compatibilidade (É um Wine polido com as bibliotecas nativas igualmente optimizadas), de modo a servir de ferramenta de migração para utilizadores e pequenas empresas que queiram usar o Linux, mas querem ter a garantia que o software Windows-only possa ser transferido sem necessidade de virtualização, e poder partilhar os dados com outras aplicações nativas.