Se bem entendi a questão você está usando GPT no disco mesmo não tendo um firmware com suporte EFI no setup da máquina, ou seja, é o BIOS convencional, o que tem como pré-condição ter o kernel compilado com "EFI GUID partition table support" (CONFIG_EFI_PARTITION=y; kernels >=2.6.37), o que significa converter a tradicional tabela de partição DOS/MBR em GPT.
Não entendi direito qual é a dificuldade que decorre do fato do blkid estar mostrando tanto o UUID quanto o PARTUUID.
No que isso dificulta ou compromete?
De toda forma, para vermos como aparece no seu sistema, poste os resultados de:
blkid -o list
blkid -s UUID
E também esse aqui como comparação:
ls -l /dev/disk/by-uuid
ls -l /dev/disk/by-partuuid