Nada. ele vai fazer uma anlise do disco.
O unico problema seria voce inverter as partições, ou seja mandar recuperar a partição de 1 tera e gravar no hd de 500.
Mesmo assim ele iria gravar em espaços vazios e não nos seus dados, mas é arriscado afirmar.
Fora isto, voce pode pode a qualqer tempo clicar eim <stop> e para o processo para recomeçar quando quiser.
Ele vai perguntar se deseja ( resume ) voltar a sessão previa e escolha N ( não ) para recomeçar todo o processo.
Eu preciso ir dormir, amanhã estarei aqui desde de manhã, OK ? ( tenho 2 minutos de bateria no note )
Boa sorte aí. Faça tudo com calma, lendo bem para entender.
[]'s