Isso posto, vamos à questão técnica formulada propriamente dita, que é o eventual uso de dois hd's. Não ficou muito claro o que você tem em mente com o uso de discos rígidos distintos.
Claro que se um disco está desmontado ele, em princípio (mas não de forma absoluta), não está acessível aos softwares que estejam rodando na máquina.
A melhor solução, creio que já disse antes, se seu computador possuir o hardware adequado, boa cpu, boa memória RAM, é usar máquina virtual, VM, VirtualBox, pois cada VM, sendo um containner, isola tudo o que há nela.