Se a sua rede estiver funcionando corretamente, e todas as configurações dos dois servidores estando tudo ok, não vejo motivo para não fazer a cópia pela rede.
São só os dados que você quer, não é isso? Ou vai querer copiar algum arquivo de configuração?
Eu usaria a rede mesmo, apesar de ser mais lenta, você vai ter o servidor em uso atual em funcionamento, vai poder fazer testes com o novo servidor, verifica se está tudo certo e só então desligar o antigo.
Tem mais, remover HDs antigos, de um servidor também antigo, para uma máquina mais nova, nem sempre é bom. Você está aumentando a chance de dar uma caca....