Depois que postei, lembrei de ter visto uma configuração no Suse Linux Enterprise Server pra fazer montagem automática dos diretórios home dos usuários, no login. Mas sinceramente não sei como funciona, nem se há algum controle automatizado pra fazer isso no Ubuntu.
Note que isso é bem diferente do esquema de perfil móvel do Windows... no Windows, o perfil, mesmo móvel, é copiado para a máquina local, e sincronizado com a área de perfis no servidor quando o usuário faz logoff. O que estou sugerindo aqui seria trabalhar com o diretório home (ou o /home/user) trabalhando diretamente no servidor, via algum serviço de compartilhamento de arquivos (nfs, samba ou sshfs).