Há pouco postei uma matéria na seção de Notícias deste fórum no qual se concluía, após uma extensa sessão de testes, que o melhor sistema de arquivos seria mesmo o... XFS!
Agora veja: quando se fala em melhor ou pior no mundo Linux é sempre bom ter em mente, coisa que boa parte dos usuários acaba esquecendo, que tais juízos são relativos. De nada adianta qualquer um de nós dizer a você "o melhor é este", "o melhor é aquele". É preciso que você conheça cada um deles, que você leia algo sobre suas características, prós e contras, decidindo depois, de acordo com suas necessidades e as características do seu hardware e do sistema que você deseja, qual é o melhor sistema de arquivos para o seu Ubuntu.
No meu caso, eu uso o ext3 na partição de boot (aproximadamente 80 MB) e o XFS no resto (o Grub ainda não suporta o XFS, por este motivo a partição de boot e o ext3 nela). O XFS nunca me causou problemas, mas isto talvez seja resultado do uso que eu faço do meu sistema.
Algumas outras distros com foco na performance também têm empregado o XFS por omissão, como a Zenwalk. Mas, em geral, as distros com maior preocupação com a estabilidade e segurança do sistema adotam ainda o ext3. Leia um pouco mais e escolha!