Que bucha em colega!
Qual o ambiente gráfico você vai querer afinal? Isso era Ubuntu ou Ubuntu Mate?
De qualquer maneira, vamos por partes e não te dou garantia que vai voltar tudo ao normal. Mas vamos tentar.
Primeiro vamos tentar arrumar o apt. No terminal:
sudo apt-get clean && sudo apt-get update
sudo dpkg --configure -a
sudo apt-get install -f
Vou colocar um link aqui pra você ler antes de fazer qualquer coisa!
O Edivaldo Brito tem um série ótima ensinando como instalar e remover quase todos os ambientes gráficos disponíveis no Ubuntu:
http://www.edivaldobrito.com.br/nao-quero-usar-unity-prefiro-o-mate/Ai dentro mesmo tem os links para os outros ambientes gráficos!
Como não sei com qual ambiente você começou ou qual vai querer agora, leia os tutoriais para remover os que você não quiser e depois restaurar o que você pretende ficar.
Se for o Ubuntu
16.04 pra frente, para voltar pra ele
( mas remova os ambientes que você não quiser antes):
sudo apt-get install --reinstall ubuntu-desktop
sudo apt-get install unity
ou
sudo apt-get install unity8-desktop-session-mir
Limpando a bagunça:
sudo apt-get autoremove
Vamos torcer que isso resolva as coisas aí!
Que a força esteja com você!
E pare de fazer experimentos em servidor de produção cabeça!