Acho que nas versões mais novas do Ubuntu já consta o Flash Player Plugin nos repositórios , se instalou do site da Adobe , basta ir ao Synaptic procurar pelo plugin e mandar atualizá-lo (aparece uma caixa cinza ao lado do nome , indicando necessidade de atualização) , que tudo se acerta . Ou instale-o direto do Synaptic . Caso não esteja no Synaptic habilite os repositórios parceiros para que o synaptic o localize .
No meu caso tive de habilitá-los para instalar o Java (Ubuntu 10.04) , então o flash já aparecia nos repositórios , não sei se não habilitar estes repositórios se o plugin aparece no repositório nativo do Ubuntu .
Prefiro o Adobe Flash Plugin ao nonfree pois , desde versões mais antigas do Linux quando só conseguíamos instalar o nonfree alguns sites não abriam seus vídeos e sempre pediam a versão atual do Flash Player , talvez o nonfree , hoje , esteja melhor adaptado a estes sites .