Erro com caracteres estranhos: fica uma caixa com X no meio: De UTF-8 para ISO

[ladraum]

Troquei o character encoding do meu Ubuntu, para que possa integrar mais facilmente com outros sistemas Windows, já que no Eclipse os caracteres apareciam estranhos (quando estava UTF-8).
Mas agora, alguns menu (do Cairo-dock, por exemplo), ficam com, no lugar de onde deveria ter um caracter acentuado, uma caixa com X no meio.
Gostaria de saber se mais alguém teve esse problema.
A versão que eu estou usando do Ubuntu é a 10.04 LTS, que atualizei da 9.10 (sim, eu sei, é arriscado, mas se tiver como corrigir sem ter que instalar do zero, agradeceria).

Uma imagem vale mais que 1k palavras: http://twitpic.com/1n7qs2

Obrigado!