permissões de pastas e arquivos

[miracco]

Olá pessoas ! estou com dificuldades nas 'permissões' de pastas e arquivos.
Isso se dá quando transfiro pastas e arquivos de uma outra partição do meu hd para a partição do sistema, ou ainda, quando envio arquivos via FTP para um servidor externo (no caso são arquivos de websites).
Como faço para alterar essas permissões ou falar pra o sistema manter as configurações de permissões, quando fazemos um download de arquivos?
Grato por qualquer resposta ~ ! abraços