As atualizações de segurança são imediatamente informadas não mais por um ícone na área de notificação no canto superior direito próximo ao relógio, mas por uma janela de atualizações que salta no desktop.
Agora as atualizações triviais, ou seja, aquelas que não são de segurança, parece-me que só são apresentadas para a atualização por essa janela que salta no desktop, após uma semana (7 dias), por isso que vc indo no menu
Sistema >
Administração >
Gerenciador de atualizações pode ver algumas atualizações por lá, mas não foi notificado pelo sistema, isso se deve por que estas atualizações não são de segurança e o notificador só vai lhe avisar sobre elas após uma semana.
Já era algo assim na versão anterior a atual do Ubuntu (no Ubuntu 9.04) e nesta versão há uma alternativa a isso, portanto se lhe incomodar de ser assim, veja o seguinte link:
http://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,50388.0.html