Dependências para um programa

jozecs · 19 de Maio de 2009, 22:57

Aos usuários do fórum,

Instalei o programa Arb para análises filogenéticas e parece que estou com alguma dependência mas não sei com,o resolver.

Vejam a mensagem do console:

jose@chorinho:~/arb$ arb
Environment Variable ARBHOME was empty
Using ARBHOME='/usr/arb'
Please wait while the program ARB is starting .....
arb_ntree: error while loading shared libraries: libXm.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
jose@chorinho:~/arb$ ARB done

Aonde e como eu consigo o libXm.so.3 e como instalar?

Obrigado pela atenção.

ucastrobr · 20 de Maio de 2009, 00:33

Citação de: jozecs online 19 de Maio de 2009, 22:57
Please wait while the program ARB is starting .....
arb_ntree: error while loading shared libraries: libXm.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
jose@chorinho:~/arb$ ARB done
Aonde e como eu consigo o libXm.so.3 e como instalar?

Onde consta * é para observação,
Onde consta fonte em azul é para instalação comum do pacote arb, onde não constar em azul é somente dependências e pacotes adicionais.

Procure no synaptic Sistema ->Administração -> Gerenciador Syanptic pelo pacote libmotif3

*Dependências se der mensagem de erro em algum desses pacotes abaixo remova somente o pacote com erro e tente executar o comando novamente com o restante de pacotes corretos:
Primeiro comando:

Código Selecionar

sudo aptitude install libx11-dev libx11-6 libmotif-dev libmotif3 lynx libxpm-dev libxpm4 libtiff4-dev libtiff4 sablotron libxaw7-dev libxaw7 libxp-dev

*Additional packages for RNA3D
Segundo comando

Código Selecionar

aptitude install mesa-common-dev libpng12-dev libgl1-mesa-dev libglew1.5-dev freeglut3-dev

INSTALAÇÃO COMUM DO ARB
Entre no site abaixo e procure pelo arquivo libglw-mesa-arb.deb de acordo com a versão de seu ubuntu e também escolher o binário correto 32 ou 64 bits:
http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/debian/dists/

Depois de duplo clique no arquivo .deb que você baixou e instale.

Execute o comando abaixo onde abrirá um editor de texto

Código Selecionar

sudo gedit /etc/apt/sources.list

Com o editor de texto aberto acrescente no final apenas a linha abaixo que corresponde a sua versão do ubuntu deixei em negrito para você ver a diferença(exemplo hardy é a versão 8.04,intrepid a versão 8.10, jaunty 9.04...):

deb http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/debian dapper non-free
deb http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/debian edgy non-free
deb http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/debian feisty non-free
deb http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/debian gutsy non-free
deb http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/debian hardy non-free
deb http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/debian intrepid non-free
deb http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/debian jaunty non-free [/color]

IMPORTANTE: Agora o último comando para instalar ferramentas adicionais do arb :

Código Selecionar

sudo aptitude install xfig transfig

jozecs · 20 de Maio de 2009, 15:27

ucastrobr,

Obrigado por sua resposta. E por ela, pude perceber que você é um usuário do Arb. Ou estaria enganado?
Se você for e usa as versões do Arb compiladas para 64 bits como as que me indicou para instalar:

CitarINSTALAÇÃO COMUM DO ARB
Entre no site abaixo e procure pelo arquivo libglw-mesa-arb.deb de acordo com a versão de seu ubuntu e também escolher o binário correto 32 ou 64 bits:
http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/debian/dists/

Lembre-se que estas versões http://techno.mikro.biologie.tu-muenchen.de/ quando compiladas para 64bits podem causar problemas, veja abaixo informação do grupo de usuários do Arb no GruposYahoo:

On Fri, 8 May 2009, Elmar Prüße wrote:

> ... the December-07 version is dangerous when
> compiled on amd64. Some results are corrupted in a way that is not easy
> to detect.

Para não ter este problema eu prefiro instalar a de 32bits do site oficial do Arb http://www.arb-home.de/downloads.html

Mesmo assim eu tentei instalar a versão conforme você indicou, veja abaixo:

No Adept já constava como instalado o libmotif3.
Instalei as bibliotecas que você indicou e não deu nenhuma mensagem de erro. Não instalei os pacotes adicionais para RNA3D. Encontrei a versão do Arb parta a minha distribuição, abaixei e instalei. Apareceu esta mensgem no Instalador de Pacotes:
OpenGL widget library and header files for ARB developers
This package contains the OpenGL widget library and header files which are missing in newer versions of Debian, Ubuntu et.al.

Mas instalou sem problemas.
Adicionei a linha do repositório para a minha versão (kubuntu 8.04 hardy).
Eu Já havia instalado o Xfig e o transfig.

Aonde o Arb é instalado e como eu faço para acessá-lo?
Não encontrei.

Só para checar, voltei aonde havia instalado anteriormente a versão oficial do Arb e a mensagem do console foi a mesma.

Environment Variable ARBHOME was empty
Using ARBHOME='/usr/arb'
Please wait while the program ARB is starting .....
jose@chorinho:~/arb$ arb_ntree: error while loading shared libraries: libXm.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
ARB done

Só para informar eu adicionei um path em /etc/profile para acessar o Arb de qualquer diretório.

# $ARBHOME/bin
PATH=$PATH:/usr/arb/bin
export PATH

Agradeço a sua ajuda.

ucastrobr · 20 de Maio de 2009, 18:18

Primeiro erro primário não é usr/arb/bin mas sim usr/bin/arb.
Remova esse path falso.
Segundo muitas das bibliotecas do RNA3D são necessárias para o funcionamento do arb.

Vamos fazer de um modo mais simples(não ligue se der mensagem de algum pacote obsoleto):

Código Selecionar

sudo apt-get install arb arb-common arb-doc fastdnaml freeglut3 libarb libglw1-mesa libncbi6 molphy ncbi-data openssh-server phylip readseq ssh tree-puzzle tree-puzzle-doc xviewg arb-database gnuplot gv xview-clients rssh molly-guard openssh-blacklist openssh-blacklist-extra phylip-doc treetool indent

Agora digite no terminal apenas arb ou sudo arb se seu usuário não tiver permissão.
Poderá digitar /usr/bin/arb mas não irá ter diferença nenhuma.

Se não der certo o que acho improvável instale as bibliotecas do RNA3D seguindo a dica do tuto anterior ou veja quais são todas as dependências necessárias para o arb nesse link:
http://packages.debian.org/pt-br/sid/science/arb

Quanto a se eu uso o arb, biologia não é minha praia prefiro programação e banco de dados...

jozecs · 20 de Maio de 2009, 19:33

ucastrobr,

Tive a impressão errada quanto a você usar o Arb. Acontece. É uma pena porque seria muito bom conhecer um expertise em linux e com conhecimento sobre o Arb. Do Arb eu entendo um pouco mas de linux não dá nem pro início. Mas vamos lá.

CitarPrimeiro erro primário não é usr/arb/bin mas sim usr/bin/arb.
Remova esse path falso.

Não é falso para a instalação que fiz utilizando o arquivo arb.tgz com o script arb_install.sh baixados do site oficial do Arb. Esta instalação coloca os executávéis em /usr/arb/bin/ .

Se fosse falsa não chamaria o Arb como acontece quando, no console, digito "arb" de qualquer diretório. O programa inicia mas fecha por não encontrar a biblioteca libXm.so.3 . Pelo menos foi isso que consegui entender. Ou estou errado?

Veja as instruções da instalação que utilizei:

Citar1. download the needed files from our homepage http://www.arb-home.de/
and save them into a directory of your choice (i.e. ~/arb-install/ )

Files needed: 'arb.tgz', 'arb_install.sh' and 'zcat'
Note: zcat just is a copy of gzip

2. get root
3. run arb_install.sh and follow the instructions

Não instalei as bibliotecas do RNA3D por que entendi que eram opcionais.

Citar
Vamos fazer de um modo mais simples(não ligue se der mensagem de algum pacote obsoleto):

No console voltou a mensagem:

[sudo] password for jose:
Lendo lista de pacotes... Pronto
Construindo árvore de dependências
Lendo estado da informação... Pronto
O pacote arb não está disponível, mas é referenciado por outro pacote.
Isso pode significar que o pacote está faltando, ficou obsoleto ou
está disponível somente a partir de outra fonte
E: O pacote arb não tem candidato para instalação

Instalei sem problemas as bibliotecas RNA3D conforme a mensagem anterior.

CitarAgora digite no terminal apenas arb ou sudo arb se seu usuário não tiver permissão.
Poderá digitar /usr/bin/arb mas não irá ter diferença nenhuma.

No console digitando arb, sudo arb ou /usr/bin/arb

jose@chorinho:~$ arb
bash: arb: comando não encontrado
jose@chorinho:~$ sudo arb
sudo: arb: command not found
jose@chorinho:~$ /usr/bin/arb
bash: /usr/bin/arb: Arquivo ou diretório inexistente
jose@chorinho:~$

O que você acha da informação na mensagem do YahooGrupos sobre esta versão do Arb não ser confiável quando compilada para 64 bits?

Agradeço sua atenção.

ucastrobr · 21 de Maio de 2009, 18:07

Leia até o final e faça sem pular até o final.

Para instalar ele não encontrou o arb, então:

Código Selecionar

sudo gedit /etc/apt/sources.list
Coloque esta linha no final do editor:

Código Selecionar

deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main non-free

Digite este comando :

Código Selecionar

sudo apt-get update

Agora sim:

Código Selecionar

sudo apt-get install arb arb-common arb-doc fastdnaml freeglut3 libarb libglw1-mesa libncbi6 molphy ncbi-data openssh-server phylip readseq ssh tree-puzzle tree-puzzle-doc xviewg arb-database gnuplot gv xview-clients rssh molly-guard openssh-blacklist openssh-blacklist-extra phylip-doc treetool indent

Se der erro em algum pacote acima remova apenas o pacote com erro e execute o comando novamente.

O pacotes que serão instalados são:
/etc/arb/arb.conf
/etc/arb/arb_tcp.dat
/usr/bin/arb
/usr/bin/arb-add-pt-server
/usr/bin/arb-kill
/usr/lib/arb/bin/CAP2
/usr/lib/arb/bin/Restriction
/usr/lib/arb/bin/SAI_demo.pl
/usr/lib/arb/bin/Zuk_to_gen
/usr/lib/arb/bin/aliv3
/usr/lib/arb/bin/arb
/usr/lib/arb/bin/arb_2_ascii
/usr/lib/arb/bin/arb_2_bin
/usr/lib/arb/bin/arb_a2ps
/usr/lib/arb/bin/arb_ale
/usr/lib/arb/bin/arb_bootstrap
/usr/lib/arb/bin/arb_clean
/usr/lib/arb/bin/arb_convert_aln
/usr/lib/arb/bin/arb_count_chars
/usr/lib/arb/bin/arb_db_server
/usr/lib/arb/bin/arb_dist
/usr/lib/arb/bin/arb_dnapars
/usr/lib/arb/bin/arb_dnarates
/usr/lib/arb/bin/arb_echo
/usr/lib/arb/bin/arb_edit
/usr/lib/arb/bin/arb_edit4
/usr/lib/arb/bin/arb_export_rates
/usr/lib/arb/bin/arb_export_tree
/usr/lib/arb/bin/arb_fastdnaml
/usr/lib/arb/bin/arb_gde
/usr/lib/arb/bin/arb_gene_probe
/usr/lib/arb/bin/arb_help2xml
/usr/lib/arb/bin/arb_hindex
/usr/lib/arb/bin/arb_history
/usr/lib/arb/bin/arb_ign
/usr/lib/arb/bin/arb_index
/usr/lib/arb/bin/arb_ludwig
/usr/lib/arb/bin/arb_message
/usr/lib/arb/bin/arb_naligner
/usr/lib/arb/bin/arb_name_server
/usr/lib/arb/bin/arb_newick_2_otb
/usr/lib/arb/bin/arb_notify
/usr/lib/arb/bin/arb_ntree
/usr/lib/arb/bin/arb_panic
/usr/lib/arb/bin/arb_pars
/usr/lib/arb/bin/arb_perf_test
/usr/lib/arb/bin/arb_pgt
/usr/lib/arb/bin/arb_phylo
/usr/lib/arb/bin/arb_phyml
/usr/lib/arb/bin/arb_primer
/usr/lib/arb/bin/arb_probe
/usr/lib/arb/bin/arb_proml
/usr/lib/arb/bin/arb_protml
/usr/lib/arb/bin/arb_proto_2_xsub
/usr/lib/arb/bin/arb_protpars
/usr/lib/arb/bin/arb_pt_server
/usr/lib/arb/bin/arb_read_tree
/usr/lib/arb/bin/arb_readseq
/usr/lib/arb/bin/arb_repair
/usr/lib/arb/bin/arb_replace
/usr/lib/arb/bin/arb_rwho
/usr/lib/arb/bin/arb_sleep
/usr/lib/arb/bin/arb_swap_rnastr
/usr/lib/arb/bin/arb_test
/usr/lib/arb/bin/arb_textedit
/usr/lib/arb/bin/arb_textprint
/usr/lib/arb/bin/arb_treegen
/usr/lib/arb/bin/arb_wait
/usr/lib/arb/bin/arb_wetc
/usr/lib/arb/bin/arb_who
/usr/lib/arb/bin/axml
/usr/lib/arb/bin/clique
/usr/lib/arb/bin/clustalv
/usr/lib/arb/bin/clustalw
/usr/lib/arb/bin/consense
/usr/lib/arb/bin/contml
/usr/lib/arb/bin/contrast
/usr/lib/arb/bin/count
/usr/lib/arb/bin/dnacomp
/usr/lib/arb/bin/dnadist
/usr/lib/arb/bin/dnainvar
/usr/lib/arb/bin/dnaml
/usr/lib/arb/bin/dnamlk
/usr/lib/arb/bin/dnamove
/usr/lib/arb/bin/dnapars
/usr/lib/arb/bin/dnapenny
/usr/lib/arb/bin/dollop
/usr/lib/arb/bin/dolmove
/usr/lib/arb/bin/dolpenny
/usr/lib/arb/bin/drawgram
/usr/lib/arb/bin/drawtree
/usr/lib/arb/bin/dszmconnect.pl
/usr/lib/arb/bin/embl_gen_long_features.pl
/usr/lib/arb/bin/example_batch_probe_match.sh
/usr/lib/arb/bin/factor
/usr/lib/arb/bin/fastdnaml
/usr/lib/arb/bin/findall
/usr/lib/arb/bin/fitch
/usr/lib/arb/bin/genbank_gen_long_features.pl
/usr/lib/arb/bin/gendist
/usr/lib/arb/bin/import_proteomdata.pl
/usr/lib/arb/bin/kitsch
/usr/lib/arb/bin/listMarkedSpecies.pl
/usr/lib/arb/bin/lsadt
/usr/lib/arb/bin/markSpecies.pl
/usr/lib/arb/bin/mausdriver.pl
/usr/lib/arb/bin/mix
/usr/lib/arb/bin/move
/usr/lib/arb/bin/neighbor
/usr/lib/arb/bin/pars
/usr/lib/arb/bin/penny
/usr/lib/arb/bin/phyml
/usr/lib/arb/bin/proml
/usr/lib/arb/bin/promlk
/usr/lib/arb/bin/protdist
/usr/lib/arb/bin/protml
/usr/lib/arb/bin/protpars
/usr/lib/arb/bin/puzzle
/usr/lib/arb/bin/raxml
/usr/lib/arb/bin/restdist
/usr/lib/arb/bin/restml
/usr/lib/arb/bin/retree
/usr/lib/arb/bin/seqboot
/usr/lib/arb/bin/sho_helix
/usr/lib/arb/bin/treedist
/usr/lib/arb/bin/trs_server
/usr/lib/arb/bin/varpos
/usr/share/arb/arb.xpm
/usr/share/doc/arb/README.Debian.gz
/usr/share/doc/arb/changelog.Debian.gz
/usr/share/doc/arb/copyright
/usr/share/man/man1/arb-add-pt-server.1.gz
/usr/share/man/man1/arb-kill.1.gz
/usr/share/man/man1/arb.1.gz
/usr/share/menu/arb

Depois alter o path para usr/bin/arb

O linux sempre executará o último caminho digitado, por exemplo em windows jamais você executaria
no Dos um comando
c:\ arb.exe\arquivos de programas afinal você quer abrir o executável e não o diretório.

O mesmo acontece com o linux: entre na pasta /usr + subpasta /bin encontre o binário ou executável arb. /usr/bin/arb

Agora imagine /usr/arb/bin caminhopasta/executável/caminhosubpasta

No último comando não tem lógica entre na pasta usr encontre executável arb entre na pasta bin

Outro exemplo simples
sudo gedit /etc/apt/sources.list abra editor gedit na pasta etc + subpasta apt e encontre o arquivo sources.list

agora mude a ordem para exemplo
sudo /etc/apt/gedit/sources.list veja que não tem lógica.

jozecs · 23 de Maio de 2009, 20:35

ucastro,

Adicionei a linha que você indicou ao source.list e ao atualizar com apt-get update, foram baixados vários pacotes mas no final voltou esta mensagem:

CitarObtendo:4 http://ftp.de.debian.org sid/main Packages [5930kB]
Obtendo:5 http://ftp.de.debian.org sid/non-free Packages [103kB]
Baixados 6673kB em 3min42s (30,0kB/s)
Lendo lista de pacotes... Pronto
W: Erro GPG: http://ftp.de.debian.org sid Release: As assinaturas a seguir não puderam ser verificadas devido a chave pública não estar disponível: NO_PUBKEY 9AA38DCD55BE302B NO_PUBKEY A70DAF536070D3A1
W: Você terá que executar apt-get update para corrigir esses problemas

repeti o mesmo comando e a mensagem foi a mesma. Ao instalar com:

Citarjose@chorinho:/$ sudo apt-get install arb arb-common arb-doc fastdnaml freeglut3 libarb libglw1-mesa libncbi6 molphy ncbi-data openssh-server phylip readseq ssh tree-puzzle tree-puzzle-doc xviewg arb-database gnuplot gv xview-clients rssh molly-guard openssh-blacklist openssh-blacklist-extra phylip-doc treetool indent
Lendo lista de pacotes... Pronto
Construindo árvore de dependências
Lendo estado da informação... Pronto
O pacote arb não está disponível, mas é referenciado por outro pacote.
Isso pode significar que o pacote está faltando, ficou obsoleto ou
está disponível somente a partir de outra fonte
E: O pacote arb não tem candidato para instalação

Parece que está faltando alguma coisa para liberar o acesso.

Depois disso o notificador do Adept está avisando sobre a atualização de mais de 700 pacotes.

ucastrobr · 24 de Maio de 2009, 22:19

Bom chega de brincadeiras vamos ao que interessa o instalador arb_0.0.20071207.1-7_i386.deb que funciona tipo se fosse um setup do windows bastando dar duplo clique.
Entre nesse site abaixo e escolha um link ftp qualquer (tanto faz ser da américa do norte, sul da america ...)
http://packages.debian.org/pt-br/sid/i386/arb/download
Depois que clicar no link ftp aparecerá uma mensagem abrir ou salvar o arquivo, escolha salvar o arquivo.
Após salvo ele estará ou em seu desktop(área de trabalho) ou em sua pasta pessoal com o nome arb_0.0.20071207.1-7_i386.deb
dê um duplo clique nele e instale ele. Após isso é só digitar arb num terminal e lógico alterar sua path para /usr/bin/arb

jozecs · 30 de Maio de 2009, 15:45

ucastrobr,

Baixei o arquivo .deb para todas as arquiteturas arb-common_0.0.20071207.1-7_all.deb porque estou com o a versão de 64 bits do kubuntu (Hardy). Instalei o pacote, alterei o path e quando digito arb no console aparece a mensagem de comando não encontrado. Fui checar a instalação e não tem nenhum comando arb em /usr/bin/ .
Utilizando a instalação que eu havia feito anteriormente aparece a mensagem que postei na primeira mensagem.

CitarProgram ARB will be startet in the background, please wait
jose@chorinho:usr/arb/bin$ arb_ntree: error while loading shared libraries: libXm.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
ARB done