Como criar contas de utilizador independentes

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Tenho uma aplicação que é acedida por browser web, e agora gostaria de instalar outra para tambem aceder via browser web. Contudo essas duas aplicações usam pacotes de mysql que entram em conflito.
A minha questão é se é possível criar uma conta de utilizador para cada aplicação em que o que instalar numa conta não influencie nem apareça na outra e que seja possível aceder a ambas as aplicações numa qualquer conta.
Alguém me pode ajudar?