Pergunta besta - Diferença entre pacote já pronto (deb) e programa compilado

[velox256]

Moçada, sei que a pergunta pode parecer besta e tal, mas vi um lance sobre o avidemux que estaria com um bug e colocando ruído qdo fosse usado pra codificar vídeos e que sugeriram que o mesmo fosse compilado no sistema e não se usasse o que está nos repositórios. Aí vem a pergunta: se o que está nos repositórios são, tecnicamente, feitos para o Ubuntu, qual a diferença entre compilar e instalar o programa ao invés de se usar o dos repositórios? Qdo é um código fonte pra ser compilado em diferentes distros não falo nada, mas qual erro poderia acontecer para uma mesma distro, já que é tudo (ou não?) padronizado? Por exemplo, uma compilação feita de um programa no Festy seguido de um checkinstall (pra fazer o pacote deb) é pra funcionar em qq outro Feisty, certo?