Encode de Vídeo

[coldrainbr]

Olá pessoal.

Peço uma ajuda nessa, sou um encoder (para quem não sabe aquele que converte vídeos em certos casos para deixá-los com tamanho menor sem perder muita qualidade).
Venho do uso contínuo do MeGUI (Windows), gostaria de saber se temos algum programa parecido no Ubuntu/Linux que resulte em um encode na mesma ou perto da qualidade em que o MeGUI o faz?

Sei que temos o MKVMerge para Linux, porém trabalho com MP4, sei também do HandBrake, mas ele é complicado para embutir legenda em Hardsub.

Obrigado, abraços.