Oi zekkerj,
Obrigado pelos esclarecimentos, mas acho que não resolve meu caso. Deixe-me explicar melhor para ver se ajuda a desvendar esse mistério.
Eu tenho um scrip na crontab que roda a cada 1 minuto, chamado "gerente.sh". Ele verifica se os 8 processos que dão suporte ao meu sistema estão todos rodando (todos eles são arquivos .jar) . Caso algum deles tenha parado, o "gerente.sh" executa-o novamente. Um desses processos que o "gerente.sh" controla é o "qh.jar".
O que ocorre com o "qh.jar":
A cada minuto ele aparece na tabela de processos ("ps aux") e logo em seguida some. Os demais processos funcionam normalmente. Como ele sumiu, no minuto seguinte ele novamente é executado, aparece na lista de processos e some de novo... e assim por diante. Mas nunca chega a ser completamente executado, até porque ele ficar em loop infinito.
No entando, quando eu digito o mesmo comando que está no script executado pelo crontab no terminal, consigo executá-lo normalmente ("java -jar qh.jar").
Como o "qh.jar" tem como uma de suas atribuições, a cada 1 minuto acessa um link e coletar informações do mesmo, julgo eu que o ubuntu, por questão de segurança, não mantém o "qh.jar" na lista de processos quando ativado automaticamente pelo "gerente.sh".
Bom... é isso

Alguam luz?