No modo gráfico Unity, que é padrão do Ubuntu 12.04, isso não é possível diretamente pela interface. Em janelas não-maximizadas, os botões podem até ficar dispostos na direita, mas sempre ao maximizá-las, os botões voltarão para a esquerda ao se mesclarem com o painel superior.
Ouvi falar que isso se dá porque, diferente do Gnome onde tudo de personalizável nele é jogado para arquivos XML, esse é um dos recursos implementados de forma hard-coded. 90% do Unity é feito em C++ e é compilado, de modo que alterar coisas que sejam hard-coded só é possível se baixar seu código-fonte, fazer as alterações no código (no braço mesmo), recompilar seus binários e ativá-los no seu sistema. Em suma: um trabalhão.
Esse problema acontece não só com os botões fechar, maximizar e minimizar, como também com o fato de não ser possível mudar a posição da barra lateral do Unity para baixo ou para direita. Tambem trata-se de um recurso implementado de forma hard-coded, de modo que para personalizar isto, é preciso alterar seu código-fonte e recompilá-lo.
Valeu Galera obrigado pela ajuda,
Descobri que os botões vão para esquerda quando eu maximizo porque o gerenciador de janelas(em modo Padrão - 3D) é o compiz, seu eu logar o ubuntu em modo 2D
o gerenciador é o metacity, aí os botões sempre ficam do lado direito como eu gosto.
Já tentei configurar a sessão default: gksudo gedit /usr/share/gnome-session/sessions/ubuntu.session, para o gerenciar de janelas metacity , mas apareceram muitos bugs.
Como eu gosto muito desempenho, prefiro ficar o ubuntu em modo 2D, que ao meu ver não tem diferenças gritando do modo 3D.
Abraços