Havia entendido que você queria uma distro que rodasse por CD ou DVD de forma criptografada. Se é para instalar no HD com criptografia, o próprio instalador pergunta num determinado momento se você quer criptografar a pasta de seu usuário na home.
Agora se você quer mais que isso (todo o sistema) tem de usar a ISO de instalação
alternate e no processo de instalação, na parte de particionamento, escolher LVM e usar criptografia nela.
Andei testando em máquina virtual no VirtualBox sobre isso (LVM+criptografia de todo o sistema) e comentei bem aqui:
http://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,95498.0.html