Senhores, tive que reintalar o Squid 2.6.STABLE18 + SquidGuard + Bind9 num Ubuntu Server 8.04 recentemente e percebi que a partir daí os usuários começaram a reclamar com certa frequência de lentidão no acesso a qualquer site da internet, pois antes do procedimento era tudo uma maravilha.
A máquina é virtual num VMware Server, com proc. Core 2 Duo 1,86Ghz e 1,5 GB de RAM. Funciona como servidor proxy e DNS.
Vejam minha configuração:
dns_nameservers 172.x.x.x <------ Esse DNS aqui é outra servidor na rede.
Se vc aponta o dns do squid pra outro servidor, pq perdeu tempo instalando o bind9 local?

Outra coisa, passou da hora de atualizar o servidor. Aproveita que vc roda como máquina virtual e instala um servidor novo...
Por fim, squid rápido depende de memória e disco. Vc já viu se sua máquina não está fazendo swap? Se estiver, seu desempenho pode ir no chão, dependendo da quantidade de swap que esteja fazendo.
Na linha
cache_dir uso
aufs como filesystem porque, pelo que vi na documentação do squid, o aufs processa bem mais requisições, pois é assíncrono, mas mesmo assim me parece que não surtiu efeito suficiente.

Eu já tentei usar o aufs no meu servidor squid... o resultado foi que depois de 2 dias, meu squid caiu. Parece que o squid tem problemas com o aufs, e "perde" descritores de arquivos. De acordo com o volume de tráfego, isso acaba fazendo com que a máquina esgote o limite de descritores de arquivos depois de alguns dias.
Resultado: tive que voltar pra ufs.