Gnome é Ambiente gráfico, são eles que tornam o sistema amigável, diferente do windows que tem apenas um default, o linux tem vários cmo KDE, GNOME, WINDOW MAKER, BLACK BOX entre outros cada um com estilo visual diferentes e ferramentas de configuração geralmente próprias.
Se não tivesse o ambiente gráfico seria apenas terminal.
Nautilus é o gerenciador gráfico do gnome, tipo ele que abre o browser para abrir pasta e arquivos, ícone..., como o windows explorer.